Probier mal
evolution & sleep 2 && xdotool search --onlyvisible --name "Evolution" windowminimize
Evolution soll starten, anschließend wird zwei Sekunden gewartet, dann das Tool xdotool gestartet und nach einem Fenster namens "Evolution" gesucht. Dieses Fenster soll dann minimiert werden. Bei den Sekunden musst Du eventuell den Wert gemäß der Performance Deines Systems erhöhen. Je nachdem, wie lange Evolution für den Start benötigt.