Kann jetzt nicht nachvollziehen, welche Probleme es da genau gab bzw was du genau gemacht hast. Ich hatte derartige Probleme nie und wähle sogar ausdrücklich Linux für solche Zwecke, da Windows Bordmittel eher beschränkt sind. Mit MBR oder GPT brauchst du da nicht kommen.
Aber sei es drum. Verschüttete Milch..
Wenn du aber in S.M.A.R.T. Fehler angezeigt bekommst, kann das ja völlig unabhängig davon ein eigenes Problem sein. Solltest du auf jeden Fall im Auge behalten.