Also du hast das mit sudo apt install caja installiert? Caja müsste also im K-Menü als Caja oder als Dateimanager eingetragen sein. Du möchtest Caja als Standard File Manager benutzen oder? Guck mal hier ist eine Anleitung.
Da brauchst eigentlich kein extra Eintrag im Menü.
Wenn doch:
Um es ganz einfach zu machen kannst alacarte installieren. Da musst du nur einen neuen Menü-Eintrag erstellen und Name: Caja, Befehl: caja eingeben.
Ubuntu Alacarte Menü-Editor – DateiWiki Blog
Das ist besser als in einer .desktop-Datei rum zubastel