Ich kann mir nicht vorstellen, dass Flatpak Hauptwerkzeug für die Softwarepaketierung in Manjaro würde, das stieße in der Community sicherlich auf großen Widerstand. Und so, wie ich Manjaro bisher erlebt habe, wird die Community durchaus gehört. Gerade die bequeme Softwareveraltung mittels pacman in Kombination mit dem AUR war bei mir ein Argument für Manjaro und andere Arch-Derivate wie EndeavourOS. Manjaros Pamac tut da sein Übriges, um auch Anfängern den Umgang damit zu ermöglichen.
Beim AUR sehe ich gegenüber Flatpak den Vorteil, dass das System nicht allzu sehr aufgebläht wird, die Pakete werden ja anhand der PKGBUILDs auf dem eigenen System kompiliert, was noch einmal mehr ein Garant für gute Lauffähigkeit sein kann (nicht zwingend muss, aber kann). Wie gesagt bläht die Verwendung vieler Flatpaks das System doch recht stark auf, bedenken wir hier, dass bei einer Verwendung von Flatpak als Haupt-Paketiersystem dies noch exponentiell gesteigert würde.
Obwohl ich Linux Mint sehr schätze als hervorragendes "Anfänger-Lnux" oder als OS, das "einfach läuft", empfinde ich schon den Ubuntu-Unterbau als recht "fett", manchmal sogar träge gegenüber einem Arch-Unterbau. Wenn jetzt Manjaro vordergründig auf Flatpak setzen würde, wäre es noch viel fetter, und das wäre einfach schade. Wie man ein Arch-basiertes OS fett kriegen kann, zeigt Garuda Linux in seiner KDE Drangonized-Edition m. E. einigermaßen eindrucksvoll... 
Das brauche ich bei Manjaro nicht wirklich. Und da bin ich sicherlich nicht der Einzige.
Manjaro befindet sich gerade auf einem recht guten Weg, ein System zu werden, dass auch Linux-Neulinge abholen kann. Einigen meiner Kunden und Freunde, denen ich Manjaro installiert habe, gefällt das besser als Mint, obgleich sie auch das mochten. Es wurde ihnen allerdings durch PPAs zu träge mit der Zeit und es war auch irgendwo nervig für sie, alle halbe Jahre neu zu installieren, oder über das Terminal auf eine neue Hauptversion hochzuziehen, z. B. von Mint 19 auf 20. Das ist bei Manjaro bequemer - und ja, ich bin mir auch der Nachteile eines RR bewusst, aber diese werden durch Timeshift in Kombination mit BTRFS und autosnap ohnehin gering gehalten, wenn überhaupt mal etwas auftritt. Man sollte das Gewonnene nicht durch Ballast verspielen, auch wenn Flatpaks durchaus auch eine praktische Lösung sein können. Aber als Generalformat taugt das m. E. nicht.