Außerdem, das Argument, dass der Fokus dann direkt bei den Anwendungen seitens der Entwickler wäre, ist glaube ich nicht eins zu eins durch denkbar.
Entwickler sind ja auch völlig verschieden, erstens was ihre Kenntnisse angeht (jemand, der spezielle Buchführungssoftware programmiert ist wohl eher jemand anderes, als der, der Systemkomponenten entwickelt usw.), das heißt, dass freiwerdende Personalressourcen nicht automatisch den Anwendungen zu Gute kämen.
Darüber hinaus ist die Linux-Welt so vielfältig, weil die Menschen dahinter so vielfältig sind. Distributionen entstanden auch durch unterschiedliche Ansichten, wie die Endresultate aber auch Grundlagen aussehen sollten. Das gilt auch für Anwendungsentwicklung, Paketverwaltung und dergleichen.
Mit Flatpak verschwinden Distributionsunterschiede bei Paketen - wohl aber auch ein Teil der Vielfalt, die aus unterschiedlichen Softwareverwaltungsphilosophien entstanden ist.