Soweit ich weiss sind die im d-conf unter: "org.x.apps.favorites" gespeichert, kannst du prüfen mit dem Programm "dconf-editor". Den Inhalt dort könntest du theoretisch speichern und bei einer Neuinstallation wieder dort rein schreiben.
Eine Frage die Lesezeichen von Firefox müssten ja auch irgendwo gespeichert sein ? Wenn es so sein sollte mit den Lesezeichen dann könnte man sie auch speichern und auf einen neuen system wieder rein kopieren sehe ich das richtig ??