Weder noch.
Habe Flatpak und Snap im Einsatz. Aber egal ob Flatpak oder Snap, die nativen Programme sind einfach schneller beim Start und benötigen massiv weniger Festplattenspeicher. Es wird zwar öfter behauptet, Flatpak / Snap sollen problemloser als native Programme sein, kann ich aber aus meiner Erfahrung nicht bestätigen.
Wie dem auch sei, ich persönlich ziehe native Programme vor und setzte Flatpak / Snap nur dort ein, wo ich nicht anders kann, sprich es das Programm nicht nativ gibt oder nur in uralter Version.
Von daher bin ich von der Distro LMDE 6 sehr angetan, hier gibt es alle meine bevorzugten Programme nativ aus dem Repository und in aktueller Version.