NFS dürfte bezüglich Geschwindigkeit noch immer im Vorteil sein, insbesondere bei vielen kleinen Dateien. Wenn es um Backups geht oder Dinge wie rsync und vielleicht sogar zwischen zwei Servern, liegst du mit NFS vermutlich vorne und es wäre theoretisch die bessere Wahl. Bei Standard Client-Server-Geschichten würde ich aber auch auf SMB setzen, insbesondere aufgrund der besseren Konfigurationsmöglichkeiten, wie Jan ja schon anschnitt.
Wenn du übrigens mit mehreren Personen auf Freigaben zugreifen willst/wirst, würde ich immer SMB empfehlen, da NFS - so weit mir bekannt - kein File Locking besitzt.