Bin kein großer Fan von Beleuchtung...
Kenne das nur von meiner Maus, bei der sich die Beleuchtung eben NICHT über Linux steuern und nichtmal ausschalten lassen kann.
Was ich zum Thema offenes/geschlossenes Gehäuse noch sagen kann: Nach einigen Wochen ist bei mir im Gehäuse trotz Staubfilter eine gute Staubschicht. Da bin ich froh, dass ich ein geschlossenes Gehäuse hab und meinen Staub nicht auch noch beleuchte... 
Momentan noch nicht die grafisch anspruchvollsten, sondern nur sowas wie Minetest u.ä. Aber die Ansprüche werden sich in den nächsten 2-3 Jahren sicher noch etwas steigern
Für Minetest ist das alles hier etwas overpowered
Das würde auch auf einem 100€ refurbished Thinclient von HP, Lenovo, Fujitsu, etc. laufen. 
Also ich denke, dein Budget von 1000€ ist auf jeden Fall mehr als ausreichend. Da darf es sich in den nächsten Jahren auch noch mehr als "etwas" steigern.
Ich werfe mal noch Hardwarerat in den Raum: https://hardwarerat.de/
Ist auch eine gute Anlaufstelle, aber dubaro ist auch gut.
Wenn du dir zutraust, die Einzelteile zu bestellen und den PC selbst zusammenzubauen, kannst du nochmal ~100-200€ sparen.
- bei welchen anderen Kompententen ist Linux-kompatibilität ggf. noch zu beachten?
Alles, was Beleuchtung hat. Schau dir zu dem Thema mal OpenRGB an. Oder du verzichtest komplett auf jegliche Beleuchtung und nimmst ein geschlossenes Gehäuse.
Gebraucht wird außerdem noch ein Monitor, da dessen jetziger nur 60Hz kann. Ist da bei der Auswahl noch was zu beachten oder nur dass es mind. 144 Hz sein sollten?
Evtl. niedrige Reaktionszeit, wobei ich hier keine Unterschiede feststellen konnte. VESA Mount wäre ganz gut, falls man mal auf die Idee kommt, eine Wand- oder Tischbefestiung zu kaufen. Ansonsten Größe, Auflösung, Farbe (also die des Gehäuses) ist Geschmacksache. Ich persönlich finde alles unter 27" recht klein.
Je nach Grafikkarte wäre es noch gut zu schauen, ob der Monitor Nvidia Gsync bzw. AMD Freesync unterstützt.
Der Rechner soll (auch) mit Linux laufen, evtl. Dualboot, evtl. auch nur Linux
Für Dualboot würde ich auf jeden Fall eine zweite SSD nehmen.
