Ich denke Timeshift ist noch auf GTK3 - der neue Gnome Dark Mode basiert auf dem Setting: "gtk-application-prefer-dark-theme=true" GTk4/libadwaita Apps lesen das automatisch aus und sind eben hell oder dunkel.
Bei GTK3 Apps wird das nur ausgelesen wenn es der App Entwickler will. Da musst du über Gnome Optimierungen (gnome-tweaks) das "legacy GTK Theme" Einstellen.
Hier gibt es ein GTK3 Theme, dass weitgehend wie libadwaita aussieht damit es möglichst einheitlich ist: https://github.com/lassekongo83/adw-gtk3