Denke einfach daran das das wirklich zu Problemen führen kann - in der Regel dann wenn die neue Distribution ältere Software verwendet oder einen „abgestammten Desktop“.
Beispiel du hast vorher Mate oder Cinnamon benutzt und wechselst dann zu Gnome oder halt umgekehrt in eine Richtung.
Da alle diese Desktops von Gnome geforkt wurden setzen die teilweise Settings die dann im anderen Desktop zu sehr merkwürdigen Verhalten führt.
Und z.b FileZilla speichert in den Config Files inzwischen mit welcher Programm-Version ihre Config Files zuletzt geöffnet wurden.
Wenn du dann eine Distri hast die ein älteres FileZilla in den Repos hat wird das den Dienst verweigern und eine Fehlermeldung anzeigen, dass die Config Files mit einer neueren Version erstellt wurden und man FileZilla aktualisieren soll. Gibt sicher noch weitere Programme die das machen.