Fas liegt wahrscheinlich daran, das du dein neues Themen in deinem Userordner gespeichert hast und die Als swahldialogfelder auf das usr/share/theme Verzeichnis zugreifen.
Dann nimmt dieses jenige Fenster das als Systemtheme.
Nachtrag:
Da du xfce nutzt, musst du auch das Themen für Fenster extra einstellen. Systemeinstellungen - Fenster Einstellungen