Der Vorteil dabei ist: Falls du MX mal neu installieren musst oder du willst eine ganz andere Distro installieren, installierst du dann nur noch auf die root-Partition (/) und deine home-Partition (/home/user) bleibt erhalten und du musst deine ganzen Konfigurationen nicht neu erstellen.
Der Nachteil: Da dort die Einstellungen gespeichert sind kann es sein, dass das neue Betriebssystem dadurch durcheinander gebracht wird. z.B. weil andere Programmversionen oder gar ein anderer Desktop installiert ist.
Ich bin deshalb nicht dafür, würde im neuen System nur die Ordner .thunderbird und .mozilla ins neue Home kopieren.
Aber jeder, wie er möchte.