Wenn du neu installieren willst kannst du ja während der Installation angeben das du die ganze Platte verwenden willst. Also musst du nicht unbedingt mit einem Live System die Platten vorher löschen bzw. formatieren.
Ich würde dir empfehlen, während der Installation immer die andere Platte vom Strom zu trennen. So kann dir nicht passieren das du aus Versehen die falsche Platte erwischt. Beim Booten dann eben über UEFI (F2 oder F12 oder eben die, die dir den Gerät bzw. Mainboard vorgibt) das gewünschte System wählen..
So kannst du auf jeder Platte einen Grub Bootmanager und so kann dir die eine Platte abschmieren oder einen Fehler haben und du kannst immer noch die andere Booten. So handhabe ich das für mich.