Hast Du in Deinen Gnome Extension die "Dash to Dock" Extension?
Ich hatte das auch mal in einer VM mit Gnome und konnte das Problem beheben, indem ich in den Extensions bei "Dash to Dock" die Option "Show overview on start up" deaktiviert habe. Den Tipp hatte ich aus einem Forum.
P.S: Ich hatte mir aufgeschrieben, dass ich nach dem Ändern des Setting das System neu starten musste.