am einfachsten wäre es mit einer uefi Installation eine Partition mit ca 512mb fat 32 und boot flag, Einhängepunkt /boot/efi,
auf ne 2te Partition irgend ein Linux
und beim windows, auf eine 2te platte installieren ohne das du die Linux platte absteckts da sonnst der boot sector fürs efi fehlt und windows dann einen 2ten erstellt, ist auch umgekehrt so. danach wieder ins linux rein und ein grub update durchführen.
denke das könnte bei dir passiert sein. Zudem bitte darauf achten das windows und linux jeweils mit efi installiert werden