Also ich habe einfach noch mal direkt die Version von darktable für Ubuntu 22.04 runtergeladen und installiert. Die alte Version 3.8.1 habe ich ignoriert, war also noch installiert. Nach dem Start der Version 4.6.0 habe ich Schritt für Schritt die Verzeichnisse Importiert.
Jetzt weiß ich auch wo das Problem liegt. Wenn man die Dateien Importieren möchte, dann geht darktable nur eine Ebene (ein Unterverzeichnis runter) um Dateien zu suchen, wenn die Dateien dann 2 oder mehr Ebenen tiefer abgelegt werden, dann wird zwar eine xml Datei erzeugt, aber die Bilder werden nicht importiert.
Also es lag nicht an der Version der Software, oder wo die Daten physikalisch liegen. Es liegt ausschließlich an der Ordnerstruktur, die ich mir unter Windows mal ausgedacht habe. Darauf muss man erst mal kommen.
Gruß und Danke für eure Unterstützung!