Gonzo-3004 Willkommen in der Welt von Gnome. Trotz solchen Unzulänglichkeiten bleibt es mein Lieblingsdesktop. Du kannst für deinen eigenen Programme eine eine.desktop Datei erstellen (entweder in /usr/share/applications oder in ~/.local/share/applications).
Dann erscheint das Programm als auch im App Grid von Gnome und du kannst es auch im Autostartmenü auswählen.