Wenn ich eines von beiden nehmen muss, bevorzuge ich Flatpak. Da habe ich gefühlt etwas mehr Kontrolle und kann alles via Flatseal bequem öffnen oder schließen. Snap sind mir irgendwie unsymphatisch, was sicher mit an Canonical liegt.
Das Problem ist halt, dass viele Distros Snap oder Flatpak so in ihre "Appstores" integrieren, dass du es mitunter nicht mal bemerkst, dass du eine App darüber installierst und nicht nativ. Erst wenn du dir wirklich die Versionshinweise ansiehst. Ein unbedarfter oder unerfahrener Nutzer weiß also sicher nicht mal, dass er unterschiedliche Arten von Apps installiert hat.
Und dann gibt es da ja auch wieder Canonical, die sogar Installationen umleiten. Da wird dann aus einem sudo apt install chromium plötzlich automatisch ein snap install chromium (oder wie auch immer der snap Befehl dazu lautet).