Das Ding mit Flatpak und Co ist halt, dass nicht nur die App, sondern auch die Umgebung mitgeliefert wird. Die Apps bringen also die eigenen Abhängigkeiten mit und dadurch werden die aufgeblasen. Du hast also immer deutlich mehr Speicherplatz belegt als bei "reinen" Apps aus den Repositories.
Beiträge von Stardenver im Thema „Aufräumen im Verzeichnis .var/app“
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Wenn die Programme eh nicht mehr installiert sind, wüsste ich nicht, warum die die nicht löschen solltest. Kopier sie doch mal und pack sie in einen anderen Ordner außerhalb. Dann neu starten und schauen ob es Probleme gibt.
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Ich würde spontan vermuten, dass du was via Flatpak installiert hattest. Dabei wird dieser Ordner angelegt und Dateien zu den jeweiligen Programmen dort abgelegt. Kann das sein?