Ja, wenn man das System starten kann so das man da ran kommt.
Wenn du Thunderbi d über Flatpak installierst und dann einmal startest wird der Ordner ja angelegt und du kannst nachsehen wo er ist.
Danach diesen erstellten Ordner gegen deinen austauschen müsste gehen.
Wenn nicht Thunderbird wieder deinstallieren. Den erstellten Ordner wieder löschen. Neu installieren und deinen Ordner wieder einfügen. Thunderbird starten und dann müsste er dein altes Profil übernehmen.