Das ist eine bewusste Design-Entscheidung und kein Fehler. Du kannst sicher mit CSS die Farbe dieser abgerundeten Rechtecke und Kreise der Farbe des Hintergrundes anpassen und sie damit unsichtbar machen. Die CSS-Anweisung dafür kannst du in die Datei gtk.css im Ordner .config/gtk-4.0 schreiben. Vielleicht findest du über die Dokumentation zu CSS in Gtk heraus, wie diese Elemente heißen: https://docs.gtk.org/gtk4/css-overview.html