Kann es eventuell sein dass du 2 Versionen von PuTTY installiert hast? Glaub in der Version 0.78 oder so war es ein Problem dass die alte Version nicht automatisch deinstalliert wurde.
Note to upgrading Windows users: the 0.78 Windows installer will not uninstall 0.77 or older. We recommend uninstalling the older version first. If you've ended up with both, uninstalling both copies and then running the new installer will put everything right. This is a knock-on effect of a bugfix; sorry about that.
Also am besten Mal komplett deinstallieren, den Registry Eintrag löschen und dann neu installieren.
Ich hab bei mir PuTTY auch nicht mehr installiert am Ende sondern habe die Portable Version genutzt. Weiß aber nicht mehr genau ob es da schon eine Config Datei gab.
Da mich dass mit der Registry aber auch gestört hat bin ich auf Kitty umgestiegen, ein PuTTY fork der eine config Datei Unterstützt. Somit kann man es auf einen Stick oder zwischen PCs kopieren und hat immer die gleichen Sessions.