Nichts. Flatpak laufen in einer Sanbox und nur mit "User" und nicht mit "Admin" Rechten. Deswegen brauchen sie zur Installation kein Passwort.
Es gibt glaube ich auch Systemweite flatpaks aber die laufen auch Sandboxed und hier muss man das Adminpass eingeben. Sonst hat kim88 komplett recht. Flatpak ist streng genommen sogar noch sicherer vom Design her.