Das ist wohl ein AppImage was Du da installiert hast.
Die ausführbare Datei müsste in deinem Homeverzeichniss unter
Code
.joplin/liegen.
In Der Regel kannst Du das einfach löschen. Zum testen vielleicht vorher umbennen, so siehst Du ob das andere joplin noch funktioniert.
Schau Dir mal das Script an, da stehen dann die ganzen Verzeichnisse drin usw.
https://raw.githubusercontent.com/laurent22/joplin/dev/Joplin_install_and_update.sh