Bei mir war es damals in Mint der DefaultTimeoutStopSec in der system.conf. Stand auf 90 sec oder so. Habe ich auf 10 geändert und das Problem war gelöst. Pfad ist /etc/systemd/system.conf
Das System hat da beim shutdown auf irgendeinen Ping gewartet, der nicht kam. Und durch die 90 halt 90 Sekunden.