im Laufe der "rollenden" Systemaktualisierung irgendwann nicht mehr funktionieren und
händisch de- und neuinstalliert werden müssen ?
Nicht ganz - Bei Discord z.B. ist es so, dass die Anwendung selbst meldet:
"Eine neue Version ist verfügbar"
Dann lade ich das neuste Paket runter und installiere es - bums, fertig. Kommt allerdings nicht so oft vor.
Hat die Anwendung keine integrierte notification, oder eine Update Funktion verbaut, bleibt
sie solange in der Version, bis Du manuell löscht und neu installierst.
Dabei werden die Einstellungen, die Du in dem Programm vorgenommen hast, meistens
in /home/user/.config/%%% gespeichert und nicht gelöscht. Somit ist die neu installierte
Version gleich wieder so konfiguriert wie Du es vorher hattest.
Bei mir war dies der Fall beim Cisco Paket Tracer.
Zu den Containern kann ich garnichts sagen, weil diese Funktion habe ich nie genutzt.
Ich habe auch gefallen an dem Terminal gefunden,, vieles geht viel schneller.
Dazu kommt, dass wenn es mal fehlerhaft sein sollte, man die Fehlermeldungen gleich sieht 
Hatte ich allerdings mit xbps noch nie gehabt. In mehr als 4 Jahren.
Flatpaks laufen im übrigen sehr gut unter Void Linux.
Testweise hatte ich https://flathub.org/apps/com.githu…teams_for_linux drauf.
Hab dann aber doch wieder das offizielle genommen.
Steam habe ich übrigens aus den normalen nonfree Quellen, wird regelmässig geupdatet
und läuft auch sauber. 