vielleicht mittels 'fdupes' über ein terminal. so würde ich es jedenfalls machen.
fdupes -r -i -d -N /media/rijo/Media/Bilder/ordner-a /media/rijo/Media/Bilder/ordner-b
-r - steht für inklusive subdiretories
-i - steht für 'reverse order' beim sortieren
-d - steht für 'delete'
-N - steht in verbindung mit 'delete' für - nur die erste datei beibehalten alle weiteren duplikate löschen ohne weiter nachzufragen.
rijo...