Als hier als Kurzabriss:
Sowohl Snap wie Flatpak sind Distributionsübergreifende Container Formate. Mit der Idee Software auf Linux Systemen ausliefern zu können ohne das die Entwickler ihre Software manuell für 100 verschiedene Distirbutionen bauen müssen.
Beide diese Containerformate bieten, neben Vereinfachung für Entwickler und Paketbetreuer bei Distributionen auch etwas mehr Sicherheit als "klassisch installierte" Software. Da die Anwendungen in einem Container laufen. Sprich die Anwendung kann z.b. nicht einfach alle Dateien aus dem Dateisystem oder deine E-Mail lesen.
Deswegen gibt es Schnittstellen (Portals genannt) wo man quasi für jede Anwendung freigeben kann auf welche Ordner im Dateisystem sie zugreifen darf, ob sie Internet benutzen darf, etc.
Flatpak ist Projekt das massiv von Red Hat unterstützt wird und von der breiten Community favorisiert wird. Es ist etwas offener als Snap, da man bei Flatpak wie auch in der Paketverwaltung eigene Repositorys hinzufügen kann. So liefert z.b. Gnome oder auch KDE ein eigenes Flatpak Repository wo sie jeweils die aktuellsten Versionen ihrer Software anbieten.
Flatpak kann aber nur grafische Software ausführen - und läuft immer nur mit "User-Rechten" und nei mit "Admin-Rechten". Bei Snap ist das anders, deswegen kann man Snap Pakete problemlos auch auf Server ohne GUI einsetzen.
Snap kann auch eigene Systemd Dienste beinhalten. Deswegen ist sowas wie CUPS z.b. nur als Snap aber nicht als Flatpak möglich.
Snap wird von Canonical entwickelt und gepflegt und ist bei Ubuntu und allen offiziellen Ubuntu Flavors vorinstalliert.
