Also ich würde mir in dem Fall clonezilla runterladen und eine bootstick damit erstellen und damit das System starten.
Dann die komplette externe Partition als Image sichern. Bitte auch die Prüfung durchführen ob das Image auch wieder zurückgeschrieben werden kann.
Prüfe dann ob Du direkt von Deiner externen HDD booten kannst ohne, dass die interne angeschlossen ist.
Damit gehst du sicher, das jede ihren eigenen Bootloader hat.
Kannst Du sie ohne interne booten, dann kannst Du einfach mit clonezilla das Image zurückschreiben und Grub updaten.
Anderenfalls wirds etwas komplizierter....prüf erstmal ob es so geht.
Wichtig ist natürlich auch, dass das zu kopierende Image kleiner ist als die Zielplatte.
Nach dem Kopiervorgang ist kannst du mit geparted den ggf. noch freien Platz auf der internen (größeren) HDD der Linux-Partition zuweisen.