komisch bei mir ists genau anders herum bin zwar auf Manjaro, sollte aber nicht viel unterschied zu Arch sein.
aber egal mir verbrauchen die flatpacks eh Zuviel Speicher.
Ich würde auch gerne verzichten auf Flatpaks, nur hat jemand ne Ahnung warum die native Runtime so schlecht läuft ? 
also am Proton kann es schon mal nicht liegen 
hab den .steam Ordner einfach Copy & Paste und das klappte auch instant, nur wie gesagt beim zocken waren dann mega laggs ingame echt komisch 
bei mir laufen die ganzen flatpacks mega langsam, steam ist da gar nicht zu brauchen
is echt komisch nutze aktuelles ArchLinux und hab ganz normal Steam in der Repo installiert und hab in Spielen nur Framedrops und mit Flatpak Version läuft alles perfekt, sogar besser als bei Windows 11 -> Spiel: Killing Floor 2, selbst mit OBS Studio streamen läuft auf Medium Preset auf 810p also bin eig was das Thema angeht echt happy, Debian 12 gleicher Effekt auch Flatpak Version mit Proton-GE 8 alles sauber.... Ich nutze aber auch ein AMD System also CPU / GPU mit den ganzen normalen Firmware Treibern aus der Repo der gegebenen Distro.
Installiere mal ProtonUp im Flathub und hau dir mal die neuste Proton GE Version drauf 
vllt. hilft das, musst dann das Game explizit mit der Custom Version von Proton starten unter Kompatibilität und der Tipp Steam als Flatpak ist merkwürdigerweise kein schlechter Tipp, nativ laufen die Games nicht sauber, Steam als Flatpak läuft alles wie auf Windows sehr mystisch.
