Ich kann mich nicht mehr 100% erinnern, bin aber ziemlich sicher, dass ich meine externe Platte damals unter Mint mit Bordmitteln verschlüsselt habe. Eigentlich sollte es doch problemlos möglich sein, diese direkt in Linux zu formatieren und die neue Partition zu verschlüsseln. Beim einstecken kommt dann die Abfrage.