Wenn ich einen Stick in Linux oder auch im TV benutzt habe, hat Windows immer was zu meckern - will den Stick reparieren. Habe ich ein oder zwei mal gemacht. Gab immer Probleme. Wenn ich das ignoriere läuft der Stick (auf allen Betriebssystemen) einfach weiter. Warum also reparieren?
Reparieren tue ich indem ich die Daten sichere und den Stick unter Linux neu formatiere.
Windows merkt irgendwie (evtl. an Systemdateien?) dass der Stick woanders drin war und will ihn reparieren - und repariert ihn dann wohl auch mal kaputt.
Meistens hatte ich auch Schwierigkeiten (nur unter Win) wenn ich Sticks mit normalem und mit USB-Minianschluss verwendet habe.