Genau das. Flatpak und Apt/Deb sind zwei komplett unterschiedliche Systeme die - und das ist wichtig - nicht miteinander kommunizieren.
Bei Flathub entscheiden die Entwickler der Flathubs mit welchen Funktionen sie eine Software anbieten oder nicht. Und offenbar haben sie sich dafür entschieden, LibreOffice ohne Offline Hilfe bei Flathub anzubieten..
Wenn du die zwingend haben willst, wirst du wohl auf LibreOffice aus dem Repository zurückgreifen müssen. Sonst kannst du ja noch testen ob die Snap Version die Offline Hilfe beinhaltet.