Hast du mehr als ein Flatpak Repository installiert? Und kommen die Anwendungen aus Flathub?
Ich bin kein grosser Flatpak Experte (als alter Snap Nutzer xD). Aber Flatpak nutzt ja ähnliche wie andere Paketverwaltungen gewisse "Basis-Pakete" auf die diverse Anwendungen zugreifen können.
Kannst du mal mit "flatpak list" prüfen ob das Paket "org.freedesktop.Platform.GL.default" installiert ist?
Und falls es installiert ist, ob es auch von Flathub kommt?
Ich hatte mal ein sehr ähnliches Problem, da wurde mit dieses Paket vom GNOME-Nightly Flatpak Repository installiert und das war nicht kompatibel mit den Flathub Paketen.
Daher prüfen ob das Flatpak "org.freedesktop.Platform.GL.default" installiert ist, falls nicht installieren und Apps erneut testen. Und falls es installiert ist prüfen ob es von Flathub und nicht von einer anderen Quelle aus installiert ist.