Im Grunde reicht FAT32, wenn Du normal große Dateien abspeichern tust. Mit exFAT wurde die Limitgröße von Fat32 aufgehoben, sonst kein Unterschied. Damit kannst Du jedenfalls von allen Systemen zugreifen, ohne zusätzlichen Aufwand in einem System zu machen (exFAT Unterstützung unter Debian/Ubuntu/Mint muss exfat-utils und exfat-fuse installiert sein). Was beide (FAT32/exFAT) allerdings nicht können, sind die Dateibesitz und Dateirechte. Wenn Windows wirklich darauf zugreifen soll/muss, dann würde ich NTFS nehmen. NTFS kann die Rechte verwalten, Softlinks, Metadaten funktionieren auch. Ist das nicht wichtig, dann reicht FAT32.