Ich hab das Problem ENDLICH gefunden... das ist ziemlich böse, und zwar lags an einer Einstellung in "gnome-tweaks":
Das mit "Ort des Zeigers" macht die Strg-Taste komplett kaputt. Hatte jetzt auch Probleme mit guake (das ich gerade durch tdrop + kitty ersetze), weil ich da auf "close when focus lost" umgestellt habe. Und siehe da, ich kann Strg wieder verwenden. 
Danke, probiere ich aus!
Das ist sehr nervig.
Ich arbeite ja viel mit JetBrains Rider als IDE unter Ubuntu und eine sehr wichtige Tastenkombination ist Strg+Shift+Links und Strg+Shift+Rechts.
Aber leider funktioniert das bei mir nur wenn ich Strg und dann Shift drücke, nicht umgekehrt.
Habs auch in anderen Editoren versucht, z.B. in meinem heißgeliebten Obsidian: gleiches Problem.
Das klingt hoffentlich nicht kleinlich, aber ich bin gerade wirklich massiv genervt, hab ich da irgendwas falsch konfiguriert im System?
