Das Problem wird hier NTFS sein. Der Linux Support von NTFS ist nur sehr sehr rudimentär.
Ich denke die einfachste Lösung wird sein. Wenn du deine USB Sticks nach "exFat" statt NTFS formatierst. Das hat mehrere Vorteile:
1. Ist es ein Dateisystem das extra für Flash-Speicher entwickelt wurden
2. Alle Betriebssysteme können es. Windows (seit Vista), MacOS (seit 10.6.5) und Linux (seit ka 15 Jahren oder so).
Das heisst wenn du nicht zwingend NTFS auf dem Stick benötigst, ist das wohl die einfachste Problemlösung.