Gab es unter FAT32 nicht Einschränkungen? Nur Datenträger bis X (32??) GB und nur Dateigrößen bis 4 GB?
Du sagst, dass du LVM benutzt hast. Da hättest du auch direkt LUKS verschlüsseln können. Dann wäre alles verschlüsselt und nicht nur die Dateien in /home.