Moin Moin.
Eventuell könnte das hier helfen, ich kann aber nicht sagen ob der Befehl so richtig ist. Falls es nicht gehen sollte, schaue ich nach Feierabend mal nach, wie der Befehl genau lautet.
flatpak override --user --env=GTK_THEME=Breeze-Dark org.libreoffice.LibreOffice