Ich denke mal, in Windows-Richtung wird es schwieriger - umgekehrt aber nicht so. Ich habe jahrelang erfolgreich meine Windows NTFS Platten in Linux eingehangen und nie Probleme bekommen. exfat würde ich zumindest bei klassischen Platten wohl eher nicht benutzen. Bei SSD und sonstigen Flash ist es sicher eine gute Wahl.