Wenn das möglich ist, dann muss es wohl die Anwendung selbst unterstützen. Da bei Gnome die Anwednungen ihre Fensterdekoration Zeichnen (CSD) - im Gegensatz zum z.b. KDE oder glaub auch Cinnamon wo glaub die Dekoratien immer noch vom Grafikserver gezeichnet werden:
Daher es gibt definitiv Apps die das unterstützen. Aber global Einstellen wirst du das wohl nicht können.