Übung macht den Meister!
Ich empfehle dennoch eine Verwaltung via webmin auf dem Server.
Diese conf Dateien -000 und -001 usw. sind nur ausgelagerte config Dateien für definierte Hosts die dann per require Mechanismus geladen werden, das soll nur die Übersichtlichkeit erhöhen.
Also das was in <VirtualHost *:443> ... </VirtualHost> steht wird ausgelagert.
Sehr oft hat man mindestens die 2:
<VirtualHost *:443> ... </VirtualHost> darin steht was der Server mit https Anfragen machen soll
<VirtualHost *:80> ... </VirtualHost> darin steht was der Server mit http Anfragen machen soll