Vermutung: Guitarix kann nicht direkt mit Pipewire umgehen sondern braucht noch den Jack Daemon. Nun kann Pipewire mit Hilfe von pw-jack vorgaukeln, dass es der Jack Server ist. Aus der Doku:
pw-jack modifies the LD_LIBRARY_PATH environment variable so that applications will load PipeWire's reimplementation of the JACK client libraries instead of JACK's own libraries. This results in JACK clients being redirected to PipeWire.
Das klingt für mich schon so, dass du den Jack-Daemon löschen kannst da pw-jack ein Pipewire Programm ist.
Was stört dich daran, dass man Guitarix mit Hilfe des pw-jack Moduls starten muss. Schreib dir das in deinem Launcher einfach davor.
Ergänzung:
ich hatte die Beschreibung nicht zu Ende gelesen. Mit folgendem Hinweis
If PipeWire's reimplementation of the JACK client libraries has been installed as a system-wide replacement for JACK's own libraries, then the whole system already behaves in that way, in which case pw-jack has no practical effect.
ist eigentlich klar, dass man den Jack-Daemon nicht braucht und wenn nicht installiert, pw-jack nicht nötig ist. Ob das jetzt alleine durch wieder Löschen des Jack-Daemon so funktioniert musst du ausprobieren. Es reicht aber sicher nicht, nur qjackctl zu löschen, du musst sicher dafür auch jackd bzw. jackd2 deinstallieren.