Solange du auf eine Antwort wartest, kann ich zumindest versuchen zu helfen, auch wenn ich Cinnamon nicht gut kenne.
Ich könnte mir vorstellen, dass es einen sich ausdehnenden Platzhalter im Panel gibt und die Fensterleiste befindet sich nun rechts von dem Platzhalter. In diesem Fall müsstest du schlicht die Fensterleiste links des Platzhalters platzieren.
Zu den Leisten: Diese Antwort hilft dir sicherlich auch nicht weiter, aber vielleicht ist es für dich in Zukunft gut zu wissen: xfce bietet die Möglichkeit mehrere Leisten überall zu platzieren, also auch zwei direke untereinander. Dazu brauchst du auch kein plugin.