Im Skript steht folgendes:
# Delete previous version (in future versions joplin.desktop shouldn't exist)
rm -f ~/.joplin/*.AppImage ~/.local/share/applications/joplin.desktop ~/.joplin/VERSION
Also kannst Du mal gucken ob diese Ordner auch bei Dir vorhanden sind.
Eigentlich ist alles im Ordner .joplin drin. Wenn Du den Ordner löscht ist das AppImage gelöscht. Das ist das praktische an den AppImages.
~/.local/share/applications/joplin.desktop
Das ist wohl der Eintrag im Startmenue. Vorsichtshalber erst mal umbennen.
Dann sollte alles weg sein.