Kurz vorweg, ich kenne die Lösung NICHT, ich habe aber einen Verdacht.
Welche Tastaturbelegung hast Du bei der Installation gewählt? Schau Dir mal die Deutschen Belegungen bei den Keymaps an, vielleicht liegt dort dort irgendwo die Lösung begraben.
Bei Windows konnte man Deutsch-EDV einstellen, was nämlich was mit dem Nummernblock und der Umstelltast zu tun hatte.
Auf deutschen Computertastaturen fungiert die Taste in der Regel als Umschaltsperre, auf schweizerischen oder amerikanischen Tastaturen als Feststelltaste. Windows folgt dieser Konvention und ändert die Funktion der Taste entsprechend der aktiven Tastaturbelegung. Allerdings kann in den Spracheinstellungen eine Tastaturbelegung namens „Deutsch (IBM)-Tastatur“ (früher „Deutsch (EDV)“) gewählt werden. Bei dieser Einstellung bewirkt die Taste, dass die Buchstaben großgeschrieben werden, aber z. B. die Zahlen weiterhin normal erreichbar sind. Unter macOS fungiert die Taste standardmäßig als Feststelltaste.
Quelle: Feststelltaste und Umschaltsperre auf Wikipedia
Vielleicht verändert das ja das Verhalten bei der Tastreihenfolge. Wie gesagt, es wäre nur ein Versuch. Wär' eh mal interessan mehr über diese keymaps zu erfahren...
Ich hab das Problem ENDLICH gefunden... das ist ziemlich böse, und zwar lags an einer Einstellung in "gnome-tweaks":
Das mit "Ort des Zeigers" macht die Strg-Taste komplett kaputt. Hatte jetzt auch Probleme mit guake (das ich gerade durch tdrop + kitty ersetze), weil ich da auf "close when focus lost" umgestellt habe. Und siehe da, ich kann Strg wieder verwenden. 
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