Die CSS-Datei, die ich verändert habe, liegt unter /usr/share/themes/Mint-Y-Blue/cinnamon/cinnamon.css.
Dafür habe ich den Dateimanager Nemo mit sudo nemo gestartet und die Datei per Rechtsklick mit dem Editor Gedit geöffnet.
Anmerkung: Wenn die Original Datei verändert wird, sind alle Änderungen weg wenn mal wieder die Themes ein Update erhalten. Ich würde immer mit einer Kopie in ~/.themes arbeiten. Den Originalnamen beim Kopieren anpassen so das man dieses Thems in der Auswahl wieder findet.