Du könntest mal versuchen die Auto-Reperatur von Flatpak laufen zu lassen:
Wird mir sehr grosser Wahrscheinlichkeit ein Berechtigungsproblem sein, das wohl auftritt während ein Backup gemacht wird und Flatpaks aktiv laufen.
Falls das nicht hilft wäre es spannend mal die Ausgabe der Berechtigungen zu sehen, wähle dazu ein Flatpaka aus das nicht mehr funktioniert und passe die Befehle entsprechend an: